旗山舊名「蕃薯寮」，傳說係因有一老嫗於路旁結茅寮，售賣蕃薯糊，並為往來行旅歇憩之處，日久聚為村落，遂以之為名。根據史籍記載有關本區的開發，最早記載是在清康熙年間。台灣府誌記載:「羅漢內門(今內門區)、外門田(今旗山區)、北大傑巔社」。光緒十四年行政上改稱太平街。
日治明治二十九年設置撫墾署，屬鳳山管轄。明治三十年改稱辦務署，仍屬鳳山縣。明治三十四年廢縣置廳，成為蕃薯寮廳，明治四十二年進一步改稱阿猴廳蕃薯寮支廳。大正九年行政當局鑿於舊名不雅，乃擇境內最高之山『旗尾山』命名，改稱旗山街，屬高雄州。
西元一九四五年二戰後，全台行政區曾作若干調整，旗山仍屬高雄縣，三十五年四月改為旗山鎮，屬高雄縣轄區。民國九十九年十二月二十五日高雄縣與高雄市合併改制直轄市，改制後名稱為「高雄市旗山區公所」。
